ماده 29 ق.ب.ت ، ارکان اداره شرکت های تعاونی را چنین برمی شمارد :
1- مجمع عمومی
2- هیات مدیره
3- بازرس یا بازرسان

هیات مدیره در شرکت تعاونی
1- تعداد اعضاء اصلی هیات مدیره : حداقل 3 نفر و حداکثر 7 نفر است.
2– تعداد اعضاء علی البدل هیات مدیره : تا یک سوم تعداد مدیرانی که به عنوان اعضاء اصلی هیات مدیره انتخاب شده اند.
3- مدیران باید حتماَ از بین اعضاء شرکت انتخاب گردند ، مانند شرکت های سهامی که لازم بود مدیران از بین سهامداران انتخاب گردند.
4- مدیران با رای مخفی اعضاء تعیین می گردند.
5- انتخاب اعضا اصلی و علی البدل هیات مدیره با اکثریت نسبی آراء مجمع عمومی می باشد.
6- اخذ رای برای انتخاب اعضاء اصلی و علی البدل در یک نوبت ( نه دو نوبت مجزی ) به عمل می آید و حائزین اکثرین بعد از اعضا اصلی به ترتیب اعضاء علی البدل شناخته می شوند.
7- مدت مدیریت مدیران دوره های 3 ساله است.
8- انتخاب مجدد مدیران حداکثر برای دو نوبت متوالی، بلامانع است.
9- البته اگر شخصی موفق به کسب دو سوم آراء کل اعضاء شرکت تعاونی گردد، می تواند برای بیش از دو نوبت متوالی نیز به عنوان عضو هیات مدیره شرکت تعاونی انتخاب گردد.
توجه داشته باشید که فقط در شرکت سهامی و شرکت تعاونی است که مدیران باید حتماَ از داخل اعضاء شرکت انتخاب گردند.

اداره جلسات هیات مدیره
هیات مدیره در اولین جلسه از میان خود، اعضاء زیر را انتخاب می کنند :
1- یک نفر به عنوان رئیس هیات مدیره
2- یک نفر به عنوان نایب رئیس
3- یک یا دو نفر به عنوان منشی
در صورت استعفا، فوت ، ممنوعیت قانونی و یا غیبت غیرموجه مکرر ( به نحوی که در اساسنامه تعیین می شود ) یکی از اعضا هیات مدیره ، یکی از اعضاء علی البدل به ترتیب آراء بیشتری برای بقیه مدت مقرر جانشین وی در جلسات هیات مدیره شرکت می گردد.

حقوق هیات مدیره : ( ماده 36 ق. ب. ت )
1- اعضاء هیات مدیره می توانند با تصویب مجمع عمومی حقوق و مزایا دریافت نمایند.
2- اگر عضو هیات مدیره از محل دیگری حقوق می گیرد در تعاونی مربوطه صرفاَ پاداش دریافت خواهد کرد.
3- حداقل و حداکثر حقوق و مزایای هیات مدیره و پاداش آنان  و موارد استثناء به موجب آیین نامه ای است که به تایید وزارت تعاون خواهد رسید.

حدود وظایف و اختیارات هیات مدیره :
1- دعوت مجمع عمومی عادی و مجمع عمومی فوق العاده ( ماده 37 ق. ب. ت )
2- اجرای اساسنامه و تصمیمات مجمع عمومی و سایر مقررات مربوطه ( ماده 37 ق. ب. ت )
3- نصب مدیر عامل بلافاصله بعد از انتخاب ، و عزل او و قبول استعفای او و نظارت بر عملیات او و پیشنهاد میزان حقوق او به مجمع عموومی ( م 39 ق. ب. ت )
4- قبول درخواست عضویت ( ماده 37 ق. ب. ت )
5- اخذ تصمیم نسبت به انتقال سهم اعضا به یکدیگر ( ماده 37 ق. ب. ت )
6- دریافت استعفای هر یک از اعضا هیات مدیره ( ماده 37 ق. ب. ت )
7- نظارت بر مخارج جاری تعاونی و رسیدگی به حساب ها و ارائه به بازرس یا  بازرسان ( ماده 37 ق. ب. ت )
8- تسلیم به موقع گزارش مالی و ترازنامه تعاونی به مجمع عمومی ( ماده 37 ق. ب. ت )
9- تهیه و تنظیم طرح ها و برنامه ها و بودجه و سایر پیشنهادات و ارائه آن به مجمع عمومی جهت اتخاذ تصمیم ( ماده 37 ق. ب. ت )
10- تعیین نماینده از بین اعضای تعاونی برای حضور در جلسات مجامع عمومی شرکت ها و اتحادیه هایی که تعاونی در آن ها مشارکت دارد. ( ماده 37 ق. ب. ت )
11- تهیه و تنظیم دستورالعمل های داخلی تعاونی و تقدیم آن به مجمع عمومی برای تصویب ( ماده 37 ق. ب. ت )
12- تعیین نماینده یا وکیل در دادگاه ها و مراجع قانونی و سایر سازمان ها با حق  توکیل ( ماده 37 ق. ب. ت )
13- تعیین و معرفی صاحبان امضای مجاز ( یک یا دو نفر از اعضاء هیات مدیره به اتفاق مدیر عامل ) برای قراردادها و اسناد تعهد آور تعاونی . ( ماده 37 ق. ب. ت )
14- در صورت فوت ، ممنوعیت قانونی یا استعفای هر یک از بازرسان اصلی، هیات مدیره مکلف است ظرف 10 روز بازرس یا بازرسان علی البدل را به ترتیب اولویت آراء برای بقیه مدت دعوت نمایند. ( تبصره 1 ماده 40 ق. ت )

شرایط اعضاء هیات مدیره
1- تابعیت جمهوری اسلامی ایران
2- ایمان و تعهد عملی به اسلام ( در تعاونی های متشکل از اقلیت دینی شناخته شده در قانون اساسی تعهد عملی به دین خودشان )
3- دارا بودن اطلاعات یا تجربه لازم برای انجام وظایف متناسب با آن تعاونی.
4- عدم ممنوعیت قانونی و حجر
5- عدم عضویت در گروه های محارب و عدم ارتکاب جرایم بر ضد امنیت و جعل اسناد
6- عدم سابقه محکومیت ارتشاء ، اختلاس ، کلاهبرداری ، خیانت در امانت ، تدلیس ، تصرف غیر قانونی در اموال دولتی و ورشکستگی به تقصیر .
7- سایر شرایط عضویت در شرکت تعاونی که در ماده 9 ق. ب. ت مذکور است.